日本基于《和平宪法》与《非核三原则》,不允许日本开发与拥有核动力与核武器。但美日两国鉴于亚洲情势有所变化,由日本全额出资,日美合作秘密打造了核子潜舰海蝙蝠号。为符合“非核三原则”,该舰名义上隶属于美国第七舰队,但舰上官兵都是日本人;舰长由前日本柴电潜艇“山波号”舰长海江田四郎担任。在这个现实内,佐德将军归来了,且对世界发出了毁灭的威胁,然而世上没有任何超级英雄可以求助。因此,巴里不得不请动一位十分迥异的蝙蝠侠,让他结束退隐再度出山,共同前去营救一个被囚禁的氪星人……尽管这氪星人并非是他熟悉的那个。